Станция "Элмляр Академиясы" была открыта 31 декабря 1985 года в составе 9 километрового пускового участка "Элмляр Академиясы" - "Мемар Аджеми", состоящего из четырёх станций, из которых только "Элмляр Академиясы" является станцией глубокого заложения. Выход в город через наземный вестибюль к зданию Академии наук республики Азербайджан, расположенный в районе пересечения улиц Гусейна Джавида и Фирудина Агаева.

Во время проходки тоннеля на участке между станциями "Элмляр Академиясы"-"Иншаатчыляр" произошел неожиданный и невероятной мощности прорыв воды, это было единственной и самой крупной аварией, случившейся во время строительства Бакинского метро. В дальнейшем работы на аварийном участке проводились методом замораживания жидким азотом.